Jiří Bartůněk přistupuje k umělecké tvorbě konceptuálně, vyjadřuje se však především médiem malby na ploše klasického závěsného obrazu. Ve svých dílech často využívá princip typický pro tzv. „kritický postmodernismus“ – apropriaci ikonicky známých, ale i českých soudobých uměleckých děl, v nichž hledá a zobrazuje struktury a vztahy mezi „vysokým“ a „nízkým“ uměním a zkoumá hranice obrazového vyjádření. Vedle volné tvorby je zásadní i jeho pedagogické působení na Katedře výtvarné výchovy v Ústí nad Labem, z níž vzešla celá generace českých umělců, kteří regionální charakter přesahují.
Volnou tvorbou se Bartůněk začal zabývat v 80. letech, a to pouze figurálním zobrazením. V tomto období se projevuje autorovo ovlivnění malbou Josefa Jíry, ale třeba i Francisem Baconem. V díle jsou patrné nesporné malířské hodnoty, jako je např. dramatičnost rukopisu, bohatá barevnost od barokních lazur přes pastózní malbu, prudké nárazy světla a tmy. V kompozicích je často zobrazeno několik prostorových plánů. Bartůňkova tvorba zahrnuje více vrstev, které jsou podloženy intelektuálními i emocionálními projevy, a je významově složitá. Obsahově jsou zachyceny především osobní příběhy, jimiž by se dala vyjádřit celková atmosféra doby. I proto jeho dílo někteří teoretici a kurátoři řadí k tendencím majícím blízko k „české grotesce“.
Těsně po revoluci autor ironicky komentuje dobová témata, nachází v nich ovšem zásadní existenciální motivy. Patrné je to např. v obrazech Cesta za slávou, Blažené otroctví nebo Pokosený a nepokosený. I jeho formální výraz se značně proměnil. Místo klasického plátna začal využívat netradiční materiály – koberce, nábytek, a především sololit, na kterém do malby začal grafickým způsobem zasahovat odrýváním a odhalováním sololitové vrstvy v ryzí podobě. V 80. letech Bartůněk na umělecké scéně téměř nepůsobil. Souviselo to pravděpodobně i s jeho morálním postojem vůči svazové kulturní politice. Také se – vzhledem k tomu, že nevystudoval vysokou uměleckou školu – nemohl stát členem SČVU (Svaz českých výtvarných umělců) a nebyl registrován ani v ČFVU (Český fond výtvarných umění), takže mohl vystavovat pouze v neoficiálních prostorech. V době normalizace se tedy uskutečnily pouze čtyři jeho samostatné výstavy.
Ačkoliv je jeho tvorba z 80. a začátku 90. let charakteristická malířskou kvalitou, Bartůněk sebekriticky zhodnotil, že nechce ustrnout v „autorském rukopisu“ a dalším vybrušování stylu. Formální i obsahová rovina jeho děl se tak v porevolučním období zásadně proměnila. Po modernistické linii, tzv. krotké moderně, se pod vlivem fascinace postmoderní literaturou (Vonnegut, Burroughs, Kundera, Bernhard) a s písmomalířským odstupem začal zabývat neokonceptuálními tendencemi. Fascinoval ho racionální až chladný přístup k tvorbě – přesný opak jeho předchozí neoexpresivní polohy. V tomto malířském výrazu zúročil třicet let praxe, kterou jako grafik a písmomalíř získal v propagačním oddělení ústeckého družstva Kontakt.
V polovině 90. let se v jeho tvorbě výrazněji prosadily intimní tendence, což lze dokladovat například na instalaci Otec, syn (1995). V Galerii Suterén vystavil sérii vlastních kapesníků z mládí, na něž ve fragmentech vytiskl autentické znění dopisu, který jeho otec napsal před sebevraždou. Podobnou textilně-lingvistickou instalaci Desatero (1995) vytvořil i pro výstavu Prostory časů, kde prezentoval bílá dětská trička potištěná textem Desatera. Způsob instalace asocioval komerční souvislosti. Bartůněk v díle odkazuje na civilizační střet současné konzumní společnosti s tradičními křesťanskými hodnotami. Zájem o různé civilizační stupně a společenské fenomény – např. nutnost ekologického uvažování s odkazem ke kritice spotřebního chování – prokázal Bartůněk v cyklu Výbava (1997). Využil zde ložní prádlo, které se uchovávalo v rodině jeho ženy pocházející z ukrajinské Volyně. Po generace schraňovaný a opravovaný textil v různých kompozicích sešil a napnul jej na klasické rámy. Cyklus může esteticky odkazovat ke geometrickým abstraktním obrazům, což ovšem nebyl autorův primární záměr. Konceptuální, ale i doslovný přesah díla dovršil tím, že cyklus třiadvaceti děl věnoval právě své dceři jako výbavu.
K malbě s jasně formulovaným zájmem o apropriační tendence se vyjádřil v cyklu Anoneneví (2001). Obrazy jsou metaforou sociologických průzkumů. Na klasickém sociologickém koláči jsou v podobě výřezů citovány malířské projevy etablovaných zahraničních výtvarníků. Vedle sebe tak stanou např. díla Penca, Dubuffeta a Barneta Newmanna nebo třeba Nicolase de Staёl, Sigmara Polkeho nebo Picassa. Objevuje se zde opět i textová rovina v podobě návodných otázek směrem k veřejnosti, které v sobě nesou paradoxem vyjádřenou ironii. Konkrétní otázky zní např. takto: „Chcete se aktivně účastnit problémů týkajících se přemnožení lidstva?“, „Myslíte, že je možné být pyšný na svou skromnost?“ nebo „Věříte tomu, čemu věříte?“
Podobný princip graficky vyjádřeného průzkumu Bartůněk využil i v cyklu Napětí, humor, erotika, láska, násilí (2001), kde ironicky převzal hodnocení užívaná v pokleslém popkulturním prostředí – v TV programech – vyjadřující poměr mezi jednotlivými žánry, které uvedený film charakterizují. Tato hodnocení tedy přenesl a zcela subjektivně aplikoval na vizuální kódy sebrané z různých kultur a období. Odkazem k devalvaci umění a jeho prostupováním do reklamního, ba dokonce bulvárního prostředí se zabýval v cyklu Zde setřete (2004), v němž na plátně v podobě stíracích losů parafrázoval díla Bridgit Riley, Petra Kvíčaly, Zdeňka Sýkory, Sophie Tauber-Arp a dalších. Umělecká díla napříč různými výtvarnými styly, konkrétně s motivem křiku, zase citoval v sérii Svatí (2006). Poprvé se zde se také výrazněji věnuje i ornamentu, který hraje velkou roli v jeho současné tvorbě. Zobrazením výseku křičícího obličeje, ornamentu v pozadí a adjustací v podobě lidového oltáříku se Bartůněk zabývá mnoha vrstvami uměleckého vyjádření, především pak ale zbožštěním nebo hagiografií motivů vyňatých z dějin umění.
Uznání, ale zároveň výsměch ikonickým postavám formujícím dějiny umění vyjadřuje i v cyklu Umělec je vetřelec (2002). Do skic autoportrétů Van Gogha, Picassa, Schieleho, Beckmanna, Rembrandta ad. vnáší poloprůhledný znak mimozemšťana – umělce stojícího na okraji společnosti, umělce, který ví víc než běžná populace, umělce jako osobnost prolamující tabu, což ovšem Bartůněk sám nepokládá vždy za zcela správné.
V dalších dílech zkoumá možnosti a hranice malby v obraze. V případě A0 (2014) vytváří rámy v přesných rozměrech uvedeného formátu. Ty jsou pak rozděleny až do formátu A5. Barvu nanáší drippingem pouze na rám a do jednoho ze vzniklých rámů navíc umisťuje ještě další plochu vystupující do prostoru. Klasické zobrazení malby na plátně je zde potlačeno absencí plochy, zároveň však obraz agresivně vstupuje do třetí dimenze.
V zatím posledních malířských dílech se Bartůněk intenzivně zabývá ornamentem, který považuje za bezkonfliktní a nepobuřující vizuální kód. Ornament je totiž vnímán většinou pozitivně, autor jej však užívá v naléhavých a symbolicky i doslovně naplněných obrazech.
Některé cykly jsou převedeny do anekdotických obsahů, ovšem s hlubokým intelektuálním zájmem o danou problematiku. V obecné rovině Bartůňka zajímají sociální vztahy a až angažovaná témata (konzumní společnost, politická situace), ale i všední události a osobní náměty pojaté v širším rámci (erotické motivy, smrt). Kriticky pojaté citace a parafráze ikonických děl výtvarného umění, ale i obsahy masmediálních a popkulturních sdělení dokládají neokonceptuální přesah umělce. Z tohoto pohledu Bartůňkova tvorba výrazně přesahuje regionální hlediska. Dokladem může být také jeho zařazení do výstavního plánu Galerie Václava Špály (2000), Domu umění města Brna (2004) nebo Galerie Jelení (2007).
